如果乙方已经签字按手印但甲方没有签字盖章，

合同按手印有效，与签字同等法律效力。依据《民法典》，按手印也是真实意思表示，合同内容合法且当事人有民事行为能力时，合同即有效。若甲方未签字盖章，但乙方已按手印且合同内容合法，甲方不签字盖章也不影响合同效力。如不及时处理，可能导致合同履行出现纠纷，甲方可能以此为由主张合同无效。
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分情况处理合同问题。具体操作：1.若甲方无异议，可要求补签字盖章；2.若甲方拒绝，可通过法律途径确认按手印的合同效力；3.如合同已部分履行，可保留证据主张合同已成立。
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常见处理方式为要求甲方补签字盖章或确认按手印的合同效力。根据法律规定，按手印与签字有同等效力，因此可要求甲方补签字盖章以完善合同形式，或直接确认现有按手印的合同已具法律效力。选择时，应考虑甲方配合度及合同履行的紧迫性，决定最佳处理方案。